A Associação Mata Ciliar (entidade civil sem fins lucrativos) foi fundada em 1987 com o objetivo de preservar os mananciais através do estudo e produção de mudas das espécies nativas. Hoje a instituição conta com a produção anual de aproximadamente dois milhões de mudas de 200 espécies diferentes de plantas características de Mata Atlântica e Cerrado, produzidas em três viveiros localizados nas cidades de Pedreira, Jundiaí e Águas de Lindóia.
Em 1997, a Mata Ciliar fundou um Centro de Reabilitação de Animais Silvestres (CRAS) na cidade de Jundiaí (SP), com o intuito de prestar atendimento médico veterinário aos animais da fauna silvestre local. Os animais, provenientes da Serra do Japi e região, chegam ao CRAS em consequência de tráfico, queimadas, caça, desmatamento, entre outros motivos; sendo encaminhados à Mata Ciliar pelo Corpo de Bombeiros, Polícia Ambiental, Guardas Municipais, além de outras instituições.
A Mata Ciliar conta também com o Centro Brasileiro para Conservação de Felinos Neotropicais, que tem o objetivo de implementar estratégias para a conservação das oito espécies de felinos selvagens que ocorrem no país. Trata-se de um centro de referencia internacional promovendo pesquisa em cativeiro e vida livre.
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